Σημαντικά προβλήματα στην εύρυθμη λειτουργία της αγοράς προκαλεί η καθυστέρηση επιστροφής του ΦΠΑ στους δικαιούχους, καθώς ο μέσος χρόνος αναμονής για την επιστροφή του φόρου στις 28 από τις 113 εφορίες της χώρας κυμαίνεται από ένα έως και πάνω από τέσσερα χρόνια.
Αν και ο χρόνος επιστροφής του ΦΠΑ έχει αισθητά βελτιωθεί σε σχέση με τα προηγούμενα έτη, καθώς με βάση τις ισχύουσες διατάξεις οι επιστροφές φόρων πρέπει να γίνονται εντός 90 ημερών ώστε να μη βαρύνεται με τόκους υπερημερίας το Δημόσιο, εντούτοις το πρόβλημα παραμένει, αφού ο μέσος χρόνος αναμονής είναι 239 ημέρες.
Γεγονός που δημιουργεί πρόσθετα προβλήματα στη λειτουργία των επιχειρήσεων, λόγω και της έλλειψης ρευστότητας που μαστίζει την αγορά.
Θα πρέπει να αναφερθεί ότι η ΔΟΥ στην οποία παρατηρείται η μεγαλύτερη καθυστέρηση είναι της Κω, με τον μέσο χρόνο αναμονής να φθάνει τις 1.743 ημέρες, ενώ ακολουθεί το Κέντρο Ελέγχου Μεγάλων Επιχειρήσεων με 1.418 ημέρες, η ΔΟΥ Νίκαιας με 982 ημέρες, Αιγίου με 762 ημέρες και την πρώτη πεντάδα κλείνει η ΔΟΥ Ψυχικού με μέσο χρόνο αναμονής τις 700 ημέρες.
Είναι εξάλλου αξιοσημείωτο, σύμφωνα και με τα τελευταία στοιχεία της Γενικής Γραμματείας Δημοσίων Εσόδων στις αρχές Ιουνίου, ότι συνολικά οι αιτήσεις προς πληρωμή ανέρχονται σε 9.985, συνολικού ύψους 986,7 εκατ. ευρώ.
Από το σύνολο όμως των ανωτέρω αιτήσεων επιστροφής ΦΠΑ οι 5.271 παραμένουν σε αναμονή άνω των 90 ημερών, με το αιτούμενο ποσό προς επιστροφή να ξεπερνά τα 792 εκατ. ευρώ.
