Το «Ηράκλειο» ξεκινάει τις υποχρεώσεις του για την νέα χρονιά, με τον εντός έδρας αγώνα κόντρα στον Ο.Ε.Α. Ρεθύμνου την Κυριακή 27 Νοεμβρίου 2016. Βρίσκεται σε όμιλο τριών ομάδων της Κρήτης με τους αγώνες να διαρκούν έως τον Φεβρουάριο.
Το πρόγραμμα:
- OEA Ρεθύμνου - Αθλητικός όμιλος Ακρωτηρίου (23/10)
- ΗΡΑΚΛΕΙΟ Ο.Α.Α - OEA Ρεθύμνου (27/11)
- Αθλητικός όμιλος Ακρωτηρίου - ΗΡΑΚΛΕΙΟ Ο.Α.Α (18/12)
- Αθλητικός όμιλος Ακρωτηρίου - ΟΕΑ - Ρεθύμνου (08/01/2017)
- ΟΕΑ Ρεθύμνου - ΗΡΑΚΛΕΙΟ Ο.Α.Α (19/02/2017)