Με γοργούς ρυθμούς προχωρούν οι εργασίες αποκατάστασης της φθοράς που έχουν υποστεί οι εξωτερικοί κίονες της Βασιλικής του Αγίου Μάρκου αλλά και των μαρμάρων που έχουν καταστραφεί μετά τη σύμβαση που υπέγραψε ο δήμος με τον εργολάβο.
Ήδη έχει τοποθετηθεί λινάτσα και σκαλωσιές και οι εργασίες έχουν ξεκινήσει για το σημαντικό αυτό μνημείο
Θυμίζουμε ότι στον έναν από τους δύο κίονες έχει αποκαλυφθεί μέρος του σιδερένιου οπλισμού του και αυτός είναι ο βαρύτερα «τραυματισμένος» κίονας από τη φθορά του χρόνου, αφού η διάβρωση έχει πάρει αρκετή έκταση.
Αντίστοιχα, στον άλλο κίονα φαίνεται ότι έχει αυξηθεί ο αριθμός των ρηγματώσεων σε όλο το μήκος του.
Οι δύο εξωτερικοί κίονες του μνημείου δεν είναι αυθεντικοί, αλλά κατασκευάστηκαν από μπετόν και σιδερένιο οπλισμό το 1956, όταν το μνημείο αποκαταστάθηκε στην αρχική του μορφή από την Εταιρεία Κρητικών Ιστορικών Μελετών. Σε δεύτερη φάση πρόκειται να ανατεθεί και μια δεύτερη εργολαβία, στο πλαίσιο της οποίας θα γίνει μια δεύτερη παρέμβαση αποκατάστασης σε ό,τι αφορά στον κλιματισμό και τον εσωτερικό φωτισμό της αίθουσας της Βασιλικής του Αγίου Μάρκου.
Με τη δεύτερη εργολαβία που θα ακολουθήσει, θα γίνει ένα συνολικότερο “φρεσκάρισμα” στο μνημείο, με σκοπό να θωρακιστεί ο εσωτερικός του χώρος με κλιματισμό, πυρασφάλεια και με ειδικό φωτισμό που θα δίνει τη δυνατότητα ανάδειξης των εκθέσεων που θα ακολουθήσουν. Στο μεσοδιάστημα θα γίνει η αποκατάσταση της φθοράς που έχουν υποστεί οι εξωτερικοί κίονες του μνημείου καθώς αυτή η εργασία μπορεί να προχωρήσει άμεσα.
Η Βασιλική είναι ένα από τα σημαντικά κτίσματα που κατασκεύασαν οι Ενετοί λίγες δεκαετίες μετά την κατάκτηση της Κρήτης. Ειδικότερα, σύμφωνα με τις ιστορικές πηγές, οι Ενετοί θέλοντας να εδραιώσουν την κυριαρχία τους στην καινούρια τους αποικία (Κάντια – Ηράκλειο), και παράλληλα να εκδηλώσουν την ευγνωμοσύνη και την αγάπη τους προς την πατρίδα τους, έχτισαν στο κέντρο της πόλης τον Ναό της Βασιλικής αφιερωμένο στον προστάτη της Βενετίας, τον Αγιο Μάρκο. Ο ναός, που οικοδομήθηκε απέναντι από το δουκικό ανάκτορο, κατείχε σημαντική θέση στην κοινωνία της εποχής της ενετικής κυριαρχίας. Εδώ αναλάμβαναν, με κάθε επισημότητα, τα καθήκοντά τους όλοι οι άρχοντες και αξιωματούχοι κι εδώ ζητούσε την προστασία του Αγίου ο απλός λαός. Στον ίδιο χώρο ενταφιάζονταν μέσα σε σαρκοφάγους με ανάγλυφες παραστάσεις οι δούκες, καθώς και μέλη της επίσημης αριστοκρατίας. Δύο από τους τάφους αυτούς είναι ορατοί σήμερα στην ανατολική πλευρά του ναού. Η Βασιλική του Αγίου Μάρκου κατάφερε να επιβιώσει μέσα από τους μεγάλους καταστροφικούς σεισμούς που σημειώθηκαν στο Ηράκλειο με μικρές επισκευές
Την περίοδο της τουρκοκρατίας έγινε τζαμί, το Ντεφτερντάρ τζαμί, από τον Ντεφτερντάρ Αχμέτ πασά, δηλαδή τον υπεύθυνο των οικονομικών. Τότε το περιβόητο κωδωνοστάσιο, το οποίο είχαν χτίσει οι Βενετοί μιμούμενοι αυτό του Αγίου Μάρκου της Βενετίας, κατεδαφίστηκε από τους Τούρκους, οι οποίοι ύψωσαν στη θέση του έναν μιναρέ.
Το 1923 περιήλθε στην περιουσία του Δημοσίου και στη συνέχεια του Δήμου, με σκοπό να χτιστεί στη θέση του δημοτικό θέατρο. Ο σχεδιασμός αυτός δεν πραγματοποιήθηκε, αλλά χρησιμοποιήθηκε ως κινηματογράφος με το όνομα «Μινώα». Την περίοδο της γερμανικής κατοχής έγινε αποθήκη τροφίμων. Το 1956 άρχισε η αναστήλωση από την Εταιρεία Κρητικών Ιστορικών Μελετών και το 1961 η Βασιλική του Αγίου Μάρκου εγκαινιάστηκε από το Α΄ Κρητολογικό Συνέδριο.
