Δρ. Αλέξανδρος Σταματάκης: Το brain gain, το κρητικό παν-γονιδίωμα, η Γερμανία και ο Λίσταρος!

Της Κατερίνας Μυλωνά

Τι γυρεύουν ερευνητές από την Ισπανία, τη Γερμανία, την Αυστρία, τη Γαλλία και τις ΗΠΑ στο Ηράκλειο; Πρόκειται για μέλη της ομάδας του Δρ. Αλέξανδρου Σταματάκη, ο οποίος το 2022 επέστρεψε στην Ελλάδα με έναν… ιερό σκοπό: να κάνει έρευνα και να… προσηλυτίσει και άλλους επιστήμονες από το εξωτερικό!

«Με τις δυνατότητες που μας παρέχει το πρόγραμμα ERA chair έχουμε ήδη αποδείξει ότι με ανταγωνιστικούς μισθούς μπορεί να επιτευχθεί το brain gain, που ήταν και ένας από τους στόχους μου», τονίζει ο ίδιος, σε συνέντευξή του στο Cretalive.

Μας μιλά με αφορμή ένα πολύ ενδιαφέρον συνέδριο που γίνεται στο Ηράκλειο (δείτε εδώ) και δεν παραλείπει να αναφερθεί- καθώς του το ζητήσαμε- στη σχέση που έχει αναπτύξει με το δικό του ησυχαστήριο, τον Λίσταρο!

Όσο αφορά στην ανάλυση του κρητικού παν-γονιδιώματος, κάντε λίγο υπομονή και τα επόμενα χρόνια θα έχει περισσότερα να μας αποκαλύψει!

Ας πάρουμε τα πράγματα… από το τέλος. Πρόσφατα δημοσιεύτηκαν τα αποτελέσματα μίας έρευνάς σας, η οποία αφορά στην εξέλιξη των πτηνών. Στην ουσία, τι είναι αυτό που ανακαλύψατε ή τι δρόμοι ανοίγονται για να γνωρίσουμε καλύτερα τα πτηνά;

«Θα απαντήσω με μία ντρίπλα, γιατί σε τέτοιες δημοσιεύσεις η Βιολογία, και συγκεκριμένα η εξέλιξη των πουλιών, συνήθως παίρνει όλη τη δόξα. Η σύγχρονη βιολογία όμως βασίζεται όλο και περισσότερο στην ποσοτική ανάλυση του DNA, δηλαδή στη χρήση υπολογιστικών μεθόδων και ανάλογων εξειδικευμένων λογισμικών για την ανάλυση μεγάλων όγκων δεδομένων DNA. Αυτός ο τομέας της πληροφορικής λέγεται βιοπληροφορική. Δεν καθιστά έκπληξη λοιπόν ότι σε αυτή την εργασία συνέδραμαν τουλάχιστον 6 ερευνητές με πτυχίο στην επιστήμη των υπολογιστών. Αυτό που ανακαλύψαμε στα πλαίσια αυτής της εργασίας είναι ότι 4 από τα λογισμικά ανοιχτού κώδικα που αναπτύξαμε εμείς και τα οποία είναι διαθέσιμα δωρεάν σε ερευνητές ανά τον κόσμο μπορούν να ανταπεξέλθουν σε τέτοιου είδους μελέτες, όπου έπρεπε να αναλυθεί πρωτόγνωρος όγκος δεδομένων. Αυτό δεν ισχύει βέβαια μόνο για τα δικά μας υπολογιστικά εργαλεία αλλά και των συναδέλφων που συνέδραμαν στην εργασία αυτή.  Επομένως, μάλλον αυτό που κάνουμε είναι χρήσιμο, και προπαντός όχι μόνο για την ανάλυση δεδομένων των πουλιών, αλλά όλων των οργανισμών του πλανήτη, όπως για τους ιούς, τα βακτήρια, τα φυτά, κτλ.»   

Στις 13-15 Μαΐου οργανώνεται στο Ηράκλειο το συνέδριο legend2024: Machine Learning for Evolutionary Genomics Data (Μέθοδοι μηχανικής μάθησης για την ανάλυση τις εξέλιξης των γονιδίων). Τι περιμένουμε σε αυτό τον τομέα; Γιατί οι επιστήμονες ρίχνετε εκεί το βάρος;

«Η χρήση μεθόδων μηχανικής μάθησης έχει επιφέρει σημαντική πρόοδο σε πάρα πολλούς τομείς, όπως π.χ., στην πρόγνωση του καιρού αλλά βέβαια και στον τομέα της εξελικτικής βιολογίας. Σε γενικές γραμμές μάς επιτρέπει να υπολογίσουμε κάποια χαρακτηριστικά των δεδομένων DNA μας πολύ πιο γρήγορα απ’ ό,τι με συμβατικές μεθόδους, εξοικονομώντας ενέργεια και μειώνοντας το περιβαλλοντικό αποτύπωμα των αναλύσεών μας. Μια άλλη χρήση είναι η ανάλυση φαινόμενων, όπως η τρισδιάστατη δομή των πρωτεϊνών, τα οποία είναι τόσο περίπλοκα ώστε να μην υπάρχει (ακόμα) επαρκές μαθηματικό μοντέλο που μπορεί να τα περιγράψει. Τα τελευταία δύο χρόνια όλο και περισσότεροι συνάδελφοι χρησιμοποιούν μεθόδους μηχανικής μάθησης στα υπολογιστικά εργαλεία που αναπτύσσουν για βιολόγους. Αναμένουμε περίπου 85 συμμετέχοντες από την Κρήτη, αλλά και από κορυφαία ερευνητικά ιδρύματα της Ευρώπης, μέχρι και από το πανεπιστήμιο του Berkeley της Καλιφόρνιας, για να παρουσιάσουν την έρευνά τους σε αυτόν τον τομέα και να συζητήσουμε τους κινδύνους και τις προκλήσεις που συνεπάγεται η χρήση των μεθόδων μηχανικής μάθησης.»     

Ήταν το 2022 όταν ανακοινώθηκε ότι επιστρέφετε στην Κρήτη (αν και δεν είστε Κρητικός με την… κλασική έννοια του όρου) με τη «μέθοδο» της Έδρας ERA για να «αναπτυχθούν νέα υπολογιστικά εργαλεία, αλγόριθμοι και μοντέλα για την ανάλυση της Βιοποικιλότητας σε ένα ευρωπαϊκό hotspot βιοποικιλότητας, την Κρήτη». Μέχρι σήμερα, τι έχει γίνει στον τομέα αυτό;

«Θα πρέπει να με ξαναρωτήσετε σε 1-2 χρόνια. Τα μέλη της καινούριας ερευνητικής μου ομάδας στο Ινστιτούτο Πληροφορικής του ΙΤΕ εγκαταστάθηκαν στην Κρήτη μεταξύ Οκτωβρίου του 2023 και Φλεβάρη του 2024, και η έρευνα χρειάζεται χρόνο. Αρχίσαμε όμως, για παράδειγμα, να ασχολούμαστε με την εφαρμογή τεχνικών μηχανικής μάθησης για την αυτόματη αναγνώριση μορφολογικών χαρακτηριστικών εντόμων από φωτογραφίες, βελτιώνουμε έναν αλγόριθμο για την αναγνώριση ειδών από DNA, όπου δε γνωρίζουμε σε ποιο είδος ανήκει το DNA εκ των προτέρων, δηλαδή είναι ανώνυμο, και ετοιμάζουμε τα υπολογιστικά εργαλεία για την ανάλυση του κρητικού παν-γονιδιώματος, δηλαδή, ουσιαστικά μιας αντιπροσωπευτικής του σύνοψης, αναλύοντας γονιδιώματα 100 περίπου Κρητικών σε συνεργασία με το εργαστήριο αρχαίου DNA του ΙΤΕ.»

Αποτελείτε ένα τρανό παράδειγμα του brain gain χωρίς να έχετε διακόψει τους δεσμούς σας με τη Γερμανία. Ήδη, στην ομάδα σας εντάσσονται άτομα που μέχρι πρότινος εργάζονταν στο εξωτερικό. Πώς θα μπορούσε αυτό- ως ένα σημείο- να γίνει κανόνας για την Ελλάδα;

«Ναι, είμαι πολύ χαρούμενος που καταφέραμε να προσελκύσουμε ερευνητές από την Ισπανία, Γερμανία, Αυστρία, Γαλλία και τις Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής στο ΙΤΕ, οι οποίοι έχουν μεταπτυχιακό ή διδακτορικό από κορυφαία πανεπιστήμια της Ευρώπης, όπως το πανεπιστήμιο του Εδιμβούργου και το Πολυτεχνείο της Μαδρίτης. Στην ομάδα μου εργάζονται δύο Έλληνες - από τους οποίους ο ένας επέστρεψε στην Ελλάδα ύστερα από 14 χρόνια στο εξωτερικό ενώ οι υπόλοιποι είναι αλλοδαποί και δεν είχαν καμία προσωπική ή ιδιαίτερη σχέση με την Ελλάδα και την Κρήτη. 

Η γενική απάντηση στο ερώτημά σας είναι πολύ απλή: ανταγωνιστικοί μισθοί - πράγμα που μπορούμε να προσφέρουμε κατ’ εξαίρεση στα πλαίσια του προγράμματος ERA chair. Αυτό θα αποτρέψει και το παρατεταμένο  brain-drain. Για παράδειγμα, μια πρώην μεταδιδακτορική μου φοιτήτρια και απόφοιτος του Πανεπιστημίου Κρήτης μόλις πήρε μόνιμη θέση στο Μουσείο Φυσικής Ιστορίας του Λονδίνου και, δυστυχώς, έτσι όπως έχουν τα πράγματα, δεν θα επιστρέψει ποτέ.

Άρα, με τις δυνατότητες που μας παρέχει το πρόγραμμα ERA chair έχουμε ήδη αποδείξει ότι με ανταγωνιστικούς μισθούς μπορεί να επιτευχθεί το brain gain, που ήταν και ένας από τους στόχους μου. Εν τέλει, είναι καθαρά θέμα πολιτικής βούλησης να καθιερωθούν ανταγωνιστικοί μισθοί για όλους τους ερευνητές και να υπάρξει brain gain σε ευρύτερη κλίμακα λαμβάνοντας υπόψη ότι υπάρχει ξεκάθαρη συσχέτιση ανάμεσα στο ποσοστό θέσεων εργασίας στον τομέα της έρευνας και τεχνολογίας και της ευημερίας και του πλούτου μιας χώρας.»

Ένας άνθρωπος που έχει για χρόνια ζήσει στη Γερμανία, ένας επιστήμονας που «χάνεται» στις οθόνες των υπολογιστών (και όχι μόνο) αποφασίζει να ρίξει άγκυρα στον Λίσταρο και να γίνει μέλος του πολιτιστικού συλλόγου της περιοχής… Γιατί;

«Από παιδί όταν πρωτοήρθα στην Κρήτη σαν επισκέπτης με τους γονείς μου από την Αθήνα είχα την αίσθηση ότι αυτός είναι ο τόπος μου, οπότε νιώθω την υποχρέωση να συμβάλλω λίγο στην βελτίωση των συνθηκών διαβίωσης, έστω και σε πολύ τοπικό επίπεδο.

Επιπλέον, η επιστήμη δεν πρέπει να απομονώνεται από την κοινωνία και ο σύλλογος προσφέρει αυτήν την ευκαιρία επικοινωνίας με το ευρύτερο κοινό, και προπαντός εκτός Ηρακλείου, όπου δεν υπάρχουν πολλές τέτοιες εκδηλώσεις. Έτσι, π.χ., διοργανώνουμε τακτικά επιστημονικά σεμινάρια στο χωριό με την συμβολή των αγαπητών μου συναδέλφων από του Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης (μίλησε ο Μπάμπης Φασουλάς για την τεκτονική της Μεσσαράς ύστερα από τον σεισμό 5 Ρίχτερ 3 χιλιόμετρα ανατολικά από τον Λίσταρο πέρυσι τον Μάιο και ο Νίκος Πουλακάκης για την σημασία της βιοποικιλότητας). Επίσης, η εξαιρετική συνάδελφος Αναστασία Μαρκομιχελάκη, αναπληρώτρια καθηγήτρια στο Τμήμα Φιλολογίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης έδωσε μια ομιλία με θέμα «Ποίηση και θέατρο στην Κρήτη στα χρόνια της Βενετοκρατίας». Την ομιλία της πλαισίωσαν οι μουσικοί: Μιχάλης Σταυρακάκης, Γιώργης Ζαχαριουδάκης και Κώστας Κυριτσάκης.»

Δείτε επίσης:

Κορυφαίος ερευνητής επιστρέφει στην Κρήτη 16 χρόνια μετά και φέρνει χρηματοδότηση ύψους 2,5 εκ ευρώ!

Βιοπληροφορική: Νέοι ορίζοντες στην έρευνα των Βιοεπιστημών - Η συνδρομή του ΙΤΕ
 

Διαβάστε περισσότερες ειδήσεις από την Κρήτη και το Ηράκλειο